Ngày xửa ngày xưa, tại một thị trấn nhỏ ở phía Bắc nước Anh, có một cậu bé cạo ống khói nghèo khổ tên Tom làm việc cho ông chủ tên Grimes và bị đối xử thật tồi tệ. Một ngày kia khi làm công việc cạo ống khói cho tòa lâu đài lớn của ngài John, cậu bị hiểu lầm, bị truy đuổi và đã chạy thật xa, cho tới khi cậu đến bên một dòng sông, ngủ thiếp đi và khi tỉnh dậy thì cậu đã biến thành một đứa trẻ dưới nước.
Từ đó, cậu bé Tom được những bà tiên và những sinh vật dưới nước khác chăm sóc và dạy dỗ. Cậu gặp gỡ những đứa trẻ dưới nước khác và tự mình đi ra biển lớn để hoàn thành sứ mệnh trưởng thành của mình. Trên đường đi, cậu gặp những cảnh tượng ngoạn mục của biển cả và học được những bài học đạo đức thật quý giá.
“Trên đời này liệu có những đứa trẻ sống ở dưới nước không nhỉ? Nếu có những đứa trẻ trên cạn thì tại sao lại không có những đứa trẻ dưới nước cơ chứ? Nếu bạn không tin vào những gì bạn chưa từng nhìn thấy thì không có nghĩa chúng không có thật”
Những đứa trẻ dưới nước là cuốn tiểu thuyết kinh điển rất được yêu thích của Charles Kingsley, đã được chuyển thể thành nhiều thể loại như kịch, nhạc kịch, phim và là nguồn cảm hứng của nhiều họa sĩ cũng như nhạc sĩ.